NCBI 包含哪些数据库
引言
美国国立生物技术信息中心 (NCBI) 是一个广泛且重要的生物信息学数据库集合，为研究人员、学生和公众提供广泛的生物医学数据。本文将深入探讨 NCBI 中包含的各种数据库，重点介绍它们的范围、内容和用途。
NCBI 数据库的类别
NCBI 数据库大致可以分为以下几类：
- 序列数据库：存储 DNA 和蛋白质序列，包括 GenBank、RefSeq、UniProt 等。
- 基因组数据库：提供物种全基因组序列，包括 Genomes、Genome Assembly Database 等。
- 文献数据库：包含生物医学相关出版物的摘要和全文，包括 PubMed、PMC 等。
- 结构数据库：存储蛋白质和其他生物大分子结构，包括 Protein Data Bank (PDB) 等。
- 分类数据库：提供物种分类和命名法信息，包括 NCBI Taxonomy Browser 等。
- 化学数据库：包含化合物、反应和生物途径的信息，包括 PubChem、BioSystems 等。
主要数据库
GenBank：这是 NCBI 中最大的数据库，包含世界各地收集到的所有公开可用 DNA 序列。它是一个持续更新的综合序列库，用于研究各种生物体，从细菌到人类。
RefSeq：RefSeq 是 GenBank 的一个子集，包含来自已完成测序并得到参考基因组支持的物种的精选序列。它提供高注释质量的序列，可用于比较基因组学和转录组学研究。
PubMed：PubMed 是生物医学文献的主要数据库，索引了医学、护理和相關領域的期刊和书籍中的摘要和全文。它是查找有关特定疾病、药物或研究主题的最新信息的重要资源。
Protein Data Bank (PDB)：PDB 是一個全球性的蛋白质和其他生物大分子结构数据库。它包含实验确定的蛋白质结构信息，广泛用于蛋白质功能、药物设计和结构生物学的研究。
其他重要数据库
除了这些主要数据库之外，NCBI 还提供各种其他宝贵资源，包括：
- BLAST：一种序列比对工具，可用于查找与特定序列相似的序列。
- SRS：一个序列检索系统，可用于从 NCBI 数据库中搜索和检索序列。
- BioSystems：一个化学数据库，包含化合物、反应和生物途径的信息。
- PubMed Health：提供面向患者和公众的健康信息。
- ClinicalTrials.gov：一个包含正在進行臨床試驗的註冊中心。
使用 NCBI 数据库
NCBI 数据库通过其网站和 API 广泛可用。研究人员和学生可以使用交互式搜索工具或编写程序化查询来访问数据。NCBI 还提供大量文档、教程和帮助资源来支持用户使用其数据库。
常见问题解答
- NCBI 中有哪些主要序列数据库？
- GenBank、RefSeq
- PubMed 提供了哪些类型的信息？
- 生物医学摘要和全文
- Protein Data Bank 中存储了什么？
- 蛋白质和其他生物大分子结构
- 如何访问 NCBI 数据库？
- 通过 NCBI 网站或 API
- NCBI 提供哪些其他工具？
- BLAST、SRS、BioSystems、PubMed Health、ClinicalTrials.gov
原创文章，作者：王利头，如若转载，请注明出处：https://www.wanglitou.cn/article_18580.html
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