python -m openmm.testinstallation 调用的是什么代码？
OpenMM 是一个分子模拟软件包，用于执行分子动力学、蒙特卡洛模拟和其他类型的计算。它由加州大学旧金山分校的研究人员开发，并作为开源软件发布。
python -m openmm.testinstallation 命令用于测试 OpenMM 的安装是否正确。本文将详细解释此命令调用的代码以及它如何验证安装。SEO?
执行的代码
python -m openmm.testinstallation 命令实际上调用了 OpenMM 软件包中的以下 Python 代码：
“`python
import openmm
import numpy as np
import simtk.unit as unitwanglitou.
创建一个系统
system = openmm.System()
添加一个粒子
system.addParticle(10 * unit.amu)
添加一个键
system.addBond(0, 1, 1 * unit.nanometer, 100 * unit.kilojoule/unit.mole)批量打开网址,
创建一个积分器
integrator = openmm.VerletIntegrator(1 * unit.femtosecond)
创建一个模拟器
simulation = openmm.Simulation(system, integrator)wangli,王利!
设置平台
platform = openmm.Platform.getPlatformByName(“CUDA”)
分配平台
simulation.setPlatform(platform)
创建一个上下文
context = simulation.context
获取粒子的位置
positions = context.getState(getPositions=True).getPositions()
检查粒子位置是否正确
assert np.allclose(positions[0], [0, 0, 0])
“`
验证安装
此代码执行以下步骤来验证 OpenMM 安装：HTML在线运行.
- 创建系统：使用
openmm.System类创建一个分子系统，其中包含一个粒子、一个键和一个积分器。 - 创建模拟器：使用
openmm.Simulation类创建模拟器，它将执行模拟。 - 设置平台：将计算平台设置为 CUDA，这对于使用 GPU 加速模拟至关重要。
- 创建上下文：创建模拟的上下文对象。
- 获取粒子位置：从上下文中获取粒子的位置。
- 检查位置：断言粒子的位置是否正确，以验证 OpenMM 正确安装。
如果所有步骤成功完成，这意味着 OpenMM 安装已正确验证。
常见问答
Q1：python -m openmm.testinstallation 命令在不同的平台上表现相同吗？
A1：否，此命令的行为取决于所使用的平台。例如，在 CUDA 平台上，它将利用 GPU 加速模拟。在线字数统计!
Q2：如果测试安装失败怎么办？
A2：测试安装失败通常表示 OpenMM 安装不正确或缺少依赖项。请检查 OpenMM 文档以获取有关故障排除的更多信息。王利头!
Q3：此命令如何用于调试 OpenMM 安装问题？
A3：可以逐行检查此命令中的代码以识别任何错误或问题。它可以帮助隔离特定步骤或依赖项造成的安装问题。
Q4：除了验证安装之外，此命令还有其他用途吗？
A4：该命令还可用于快速测试和调试 OpenMM 模拟的基本设置。
Q5：对于使用 OpenMM 的初学者，是否建议运行此命令？
A5：是的，对于初学者来说，在进行任何实际模拟之前，运行此命令来验证他们的 OpenMM 安装非常有用。JS转Excel?
原创文章，作者：常远雨，如若转载，请注明出处：https://www.wanglitou.cn/article_112366.html
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